Peut-on vraiment ‘rééquilibrer’ son microbiote ? Ce que dit la science

Souvent appelé le « deuxième cerveau », le microbiote intestinal est un pilier de notre santé. En effet, en interaction directe avec le cerveau, il joue un rôle clé dans la digestion, l’immunité, l’équilibre de l’organisme et bien plus encore. Il est alors essentiel d’en prendre soin. Mais peut-on vraiment rééquilibrer son microbiote intestinal ? Dans ce guide, nous explorons les différents mécanismes du microbiote intestinal.

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Sommaire

1. Le microbiote intestinal, c’est quoi ?

2. Les leviers établis pour agir sur le microbiote

3. Les limites à ce jour

4. Conclusion

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Le microbiote intestinal, c’est quoi ?

Le microbiote intestinal est l'un des nombreux microbiotes présents dans l'organisme humain (microbiote buccal, vaginal, cutané, etc.). Il est constitué de plus de 100 000 milliards de micro-organismes, avec plus de 10 000 espèces identifiées à ce jour. Ces micro-organismes jouent un rôle central dans la digestion, l'absorption des nutriments, la modulation du système immunitaire et la protection contre les agents pathogènes.

Les études récentes ont révélé que les interactions du microbiote intestinal ne se limitent pas uniquement à la santé digestive, mais affectent également le métabolisme, l'immunité et la neurologie, notamment les maladies neurodégénératives (ex. : Parkinson), les pathologies métaboliques (obésité, diabète de type 2) et les troubles immunitaires.

Le microbiote est un écosystème vivant et dynamique. Sa composition peut varier en fonction de l’alimentation, du mode de vie, des médicaments (notamment les antibiotiques), du stress ou encore de l’âge.

On sait que le microbiote intestinal est propre à chaque individu. En moyenne, un microbiote sain compte 160 espèces de bactéries. Si l’on compare deux microbiotes de deux individus différents, seulement 80 espèces environ seront communes aux deux. Cependant, il existerait un socle commun de 15 à 20 espèces présentes chez tous les individus.

Ainsi, la science ne définit pas aujourd’hui un microbiote unique standard à atteindre. Le terme « rééquilibrer » implique donc plutôt une optimisation ou une modulation du microbiote afin qu’il remplisse au mieux ses rôles.

Pour aller plus loin dans votre compréhension de ce sujet, consultez notre article « Les 5 rôles essentiels du microbiote dans le corps humain ».

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Les leviers établis pour agir sur le microbiote

Plusieurs paramètres influencent la composition et la fonctionnalité du microbiote.

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Alimentation

L’alimentation est le levier le plus puissant pour moduler son microbiote. Une alimentation riche en fibres et en produits fermentés (fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes, yaourt, choucroute, kéfir, etc.) favorise la diversité bactérienne et la production de métabolites bénéfiques, comme les acides gras à chaîne courte, qui nourrissent les cellules intestinales.

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Activité physique et mode de vie

L’exercice régulier, un sommeil de qualité et une gestion du stress jouent aussi un rôle, car ils influencent à la fois la physiologie digestive et la communication hormonale autour du microbiote.

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Médicaments et environnement

Certains médicaments, notamment les antibiotiques, modifient temporairement le microbiote en éliminant certaines bactéries. L’environnement, le contact avec la nature, ou encore l’exposition aux animaux domestiques influencent aussi l’écosystème microbien.

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Les limites à ce jour

Bien que le microbiote soit modulable, il n’existe pas encore de recette universelle scientifiquement validée pour le « rééquilibrer » instantanément ou totalement. Chaque individu réagit différemment aux mêmes stimuli alimentaires ou environnementaux. La science progresse, mais elle met en avant une approche personnalisée plutôt qu’une solution standard applicable à tous.

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Conclusion

« Rééquilibrer » son microbiote est ainsi possible, mais ce n’est pas un processus simple et universel. Une approche plus nuancée et durable est à avoir : le microbiote peut être modulé, enrichi et soutenu par des habitudes personnalisées. Il n’existe pas de microbiote parfait à atteindre, l’idée est de donner au microbiote toutes les armes nécessaires pour qu’il puisse remplir au mieux ses fonctions. Privilégier une alimentation riche en fibres et en produits fermentés, pratiquer une activité physique régulière ou encore mieux gérer son stress sont quelques-unes des solutions pour renforcer son microbiote.

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Sources

· Institut Pasteur (Lille) – Le lien entre microbiote et santé

https://pasteur-lille.fr/2025/08/08/lien-microbiote-sante/#:~:text=Cela%20passe%20par%20une%20alimentation,négativement%20l'équilibre%20du%20microbiote

· Fondation pour la Recherche Médicale (FRM) – Focus Microbiote intestinal

https://www.frm.org/fr/maladies/recherches-autres-maladies/microbiote-intestinal/focus-microbiote-intestinal

· Chenot – Gut health matters : balanced microbiome

https://www.chenot.com/blog/2025/01/23/gut-health-matters-balanced-microbiome/

· Institut Pasteur – Gut microbiota : an incredibly rich ecosystem

https://www.pasteur.fr/en/research-journal/news/gut-microbiota-incredibly-rich-ecosystem